Thomas lahir di Omura, negeri Jepang dari sebuah keluarga Kristen. Kesaksian hidup para misionaris yang berkarya di tanah airnya menarik perhatiannya semenjak kecil. Oleh karena itu ia bercita - cita menjadi imam. Untuk itu ia kemudian masuk seminari. Di sekolah, ia terkenal cerdas sehingga bisa menamatkan studinya dengan hasil gilang gemilang; ia lalu masuk Serikat Yesus. Thomas kemudian berhasil mencapai cita - citanya dengan menerima tabhisan imamat dalam Serikat Yesus. Kecerdasannya benar - benar terbukti dalam karyanya sebagai imam. Ia terkenal sebagai seorang imam yang rajin dan pengkhotbah yang fasih berbicara.

Ketika terjadi aksi penganiayaan terhadap umat Kristen dan penghambatan besar terhadap karya misi, Thomas mengungsi ke Makao. Namun ia tidak dapat bertahan lama disana. Mengingat saudara - saudaranya yang mengalami berbagai penderitaan dan kekejaman karena imannya dari penguasa setempat, ia akhirnya mengambil keputusan untuk pulang dan menderita bersama - sama dengan mereka. Sebagai pahlawan Kristus, ia pulang untuk berjuang di baris terdepan pembelaan iman Kristen. Tak lama kemudian setelah ia tiba di Omura, ia ditangkap polisi dan diseret kedalam penjara bersama dua orang kawannya. Tigabelas bulan lamanya Thomas bersama dua rekannya meringkuk di dalam penjara.

Pada tanggal 6 September 1627 mereka dibawa ke tempat hukuman mati. Dengan semangat iman yang membara dan keperwiraan, Thomas bersama dua orang rekannya menaiki timbunan kayu yang telah disulut api. Kepada ribuan orang yang datang untuk penyaksikan pembunuhan atas mereka, Thomas memberi wejangan iman mengenal Yesus Kristus. Banyak orang mencucurkan air matanya karena terharu mendengarkan kotbahnya. Mereka menyaksikan bagaimana Thomas meninggal dengan cara yang ajaib. Sekonyong - konyong dari dada Thomas memancarlah api yang menyala - nyala dan bersinar ke angkasa. Nyala api itu adalah jiwanya yang melayang masuk ke dalam kemuliaan surgawi.